Nel Medioevo, intorno alla valle del Tevere, sorsero innumerevoli castelli allo scopo di difendere la zona da probabili attacchi di nemici, sorse così anche il Castello Baglioni di Graffignano.
Nel corso degli anni, il Castello Baglioni, così come tutti gli altri castelli della zona, raccolse intorno alle sue mura le abitazioni del popolo.
I contadini sceglievano questa soluzione perché in cambio del loro duro lavoro, ricevevano dal proprietario il necessario al loro sostentamento e la protezione in caso di guerra.
Il nome Graffignano potrebbe derivare dalla parola longobarda krapfo che era un’arma a forma di uncino ma anche dal termine tedesco Graaf cioè terra del Conte.
Ma secondo una versione più recente il toponimo potrebbe derivare da Carfinianum cioè terra di Carfinio che poteva essere il nome del proprietario del terreno sul quale sorse poi Graffignano.
Dai documenti storici risulta che i primi signori furono i conti longobardi Da Persano che tra le altre cose avevano fatto costruire anche un lebbrosario vicino al convento dei monaci. Nei secoli successivi e precisamente nel 1282 i Baglioni di Castel di Piero, l’odierna frazione di San Michele in Teverina, fanno atto di sottomissione a Viterbo come signori di Graffignano.
Nella metà del 1300 il cardinale Egidio Albornoz conferma ai Baglioni la signoria del castello.
Nell’anno 1431 Papa Eugenio IV conferisce a Cecco Baglioni il titolo di Conte di Graffignano e per qualche anno il territorio vive un periodo di tranquillità.
Alla fine del 1500 Giovanni Paolo Baglioni convince alcuni frati a trasferirsi nel piccolo borgo e a fondare un piccolo convento proprio vicino alla chiesa di Santa Maria Apparuta e affidò loro anche la cura del santuario del Castellonchio.
Il santuario del Castellonchio che dista circa due chilometri dal paese, si trova in località Selve e all’interno conserva un affresco del 400 raffigurante la Madonna Salus Infirmorum anche oggi molto venerata da tutti gli ammalati e per le loro famiglie.
Sotto il santuario sgorga l’acqua della Madonna ritenuta prodigiosa per la salute e si dice che lavandovi i sassi, questi poi profumano di rosa, a testimonianza delle virtù del prezioso liquido.
Attualmente il Castello Baglioni di Graffignano ospita un piccolo museo con i reperti dello scavo di Poggio la Guardia dove è stata ritrovata una villa romana.
